Durante a Jornada Mundial da Juventude (JMJ), o Terceiro Comando Aéreo Regional (III COMAR) atuou no apoio aos deslocamentos aéreos do Papa Francisco. No dia 22 de julho, data do ingresso do Santo Padre ao Brasil pela Base Aérea do Galeão (BAGL), o Papa Francisco chegou ao III COMAR no final da tarde, após saudar a população pelas ruas do centro do Rio de Janeiro, para ser transportado em uma aeronave CH-34 Super Puma do Esquadrão Puma (3º/8º GAV) com destino ao Palácio Guanabara, onde era aguardado para uma recepção.

No dia 27 de julho, no início da noite, o Papa e comitiva se dirigiram ao III COMAR para um mais um transporte em H-34 Super Puma. Dessa vez, o destino era a praia de Copacabana, para a vigília de oração com os jovens. Nos demais dias da JMJ, o III COMAR esteve de prontidão como uma base alternativa para os pousos e decolagens de Francisco. Uma estrutura de segurança e defesa, assim como apoio de saúde, foi mantida em função desse apoio.

Desde uma semana antes do início da JMJ, o III COMAR também prestou apoio referente ao Papamóvel, que ficou guardado na garagem Complexo Santos Dumont.